當然R不是盡善盡美，他也是有缺點的
1.他是需要執行指令的，因此沒有像SPSS那麼方便，拉來拉去就可以的
（不過像我沒有程式基礎，也是可以摸一摸就大概可以知道很多功能了）
2.某些指令並沒有辦法直接獲得，舉個例子來說好了
想要獲得一群data的眾數...R裡面似乎沒有辦法找到適合的指令
（至少在我現在用的版本2.6.0） 不過我還是有找到解決的方法喔
3.如果遇到問題，或想要知道有哪些指令可以用的時候
偏偏在軟體裡面的help（之後會介紹要怎麼找）也找沒頭緒
網路上很難用關鍵字找到，畢竟會用到"R"的關鍵字的可能太多了
（之後也會告訴你怎麼用關鍵字搜尋）
4.因為是免費軟體，所以R他不提供任何擔保
5.聽說跑起模擬來會很慢
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